פרגולות כדאי לצבוע לפני שבונים אותן וזאת מטעמי נוחות. קל יותר לצבוע את חלקי הפרגולה כאשר הם מונחים על הקרקע מאשר לעמוד על סולם ולצבוע פרגולה שכבר עומדת. כאשר החלקים פרוסים לפנינו בצורה נוחה, קל מאוד להגיע לכל נקודה בעץ ולהקפיד על עבודה אסטטית וצבע אחיד.
פרגולות נמצאות בחוץ וחשופות במהלך כל השנה לנזקי מזג האוויר. קרינת השמש בקיץ כמו גם הגשם בחורף עלולים להזיק לעץ ולכן יש להשתמש בצבע מתאים. פרגולות יש לצבוע בצבעי עץ שנועדו לתנאי חוץ. צבעים אלה יעזרו לשמור על העץ ויקנו לפרגולה מראה חדש לאורך זמן.
בשוק קיימות מגוון חברות (ישראליות וזרות) אשר מייצרות צבעים מתאימים. מומלץ להתייעץ עם בעל מקצוע ולוודא שמשתמשים בסוג נכון של צבע.
פרגולות שלא כמו דקים, מתבלות לעיתים בצורה לא בצורה אחידה. הדבר נובע בגלל חשיפה לא סימטרית של חלקים בפרגולה לשמש או גשם. כך לדוגמא עמוד של פרגולה שממוקם קרוב לממטרה יתבלה יותר בגלל חשיפתו למים.
פרגולות עשויות מעץ ולכן הן זקוקות לתחזוק שוטף. תדירות התחזוק משתנה בהתאם למזג האוויר ולנתונים נוספים ולכן מומלץ לבדוק אותן אחת לשנה לפני שהחורף מתחיל. פרגולה מתוחזקת תשמור על מראה יפה יותר לאורך זמן.
קיימת טכניקה מדהימה לצביעת פרגולות באופן שמבליט מאוד את הטקסטורה של העץ. הטכניקה הזו נקראת הברשת פרגולות והיא מאפשרת ליהנות מהיופי הטבעי של קורות הפרגולה.