השלב השלישי בבניית פרגולה הוא בניית השלד. קיימים שני סוגי שלדים בסיסיים בכל הנוגע לבנייתן: פרגולות אשר צמודות למבנה ופרגולות אשר אינן צמודות למבנה.
פרגולה צמודה לבית: השלד מחובר בצידו האחד אל הקיר של הבית, ומונח בצידו האחר על גבי העמודים. פרגולה באמצע שטח פתוח: השלד מונח כולו על גבי העמודים.
שלד של פרגולות מורכב משני חלקים: קורות מרכזיות וקורות אורך. הקורות המרכזיות הן אלו שמונחות על העמודים / צמודות לבית, וקורות האורך הן אלו שמונחות על גבי הקורות המרכזיות.
רוב המשקל של הפרגולה אם כן מונח על גבי הקורה המרכזית. המשמעות היא שיש לבחור בקורה שתהיה חזקה מספיק כדי לשאת את המשקל. קורה שלא תהיה חזקה מספיק עלולה "לקבל בטן" בחלוף הזמן ואף להגיע למצב שהיא תהיה זקוקה להחלפה.
בעלי מקצוע לא מקצועיים עלולים לבחור בקורה בחתך צר כדי לחסוך בעלויות. כדאי להתעקש על קורה רחבה יותר משום שפער המחירים לא משמעותי עבור קורה אחת.
לקורות האורך של הפרגולה יש שני תפקידים: הראשון הוא לתמוך ולשמש כבסיס לכיסוי של הפרגולה, והשני הוא ליופי. ניתן להיות גמישים בכל הנוגע לחתך של הקורות וברווחים שבין קורה לקורה בהתאם למשקל שיונח אליהם.
כך לדוגמא, פרגולה עם רעפים תהיה בעלת קורות אורך בחתך רחב יותר וברווחים קטנים יותר מאשר פרגולה ללא כיסוי כלל.